柱状苹果树虽然具有许多优点，但也存在一些缺点，如下：

1、生产量较低：由于其垂直的生长习性和较少的分支，柱状苹果树往往比传统苹果树的产量要少。

2、生命周期较短：柱状苹果树的寿命往往比传统的苹果树短。一般而言，柱状苹果树可能在10-15年后开始衰退，而传统苹果树则可以生长更长时间。

3、果实质量：有些园艺爱好者认为柱状苹果树的果实在口感和风味上可能不如传统苹果树品种。

4、易受风的影响：由于其直立的生长习性，柱状苹果树在大风天气下可能更容易受到损害。

5、需要更频繁的修剪：为了维持其独特的柱状形态，可能需要进行更多的修剪工作以控制侧枝的生长。

6、病虫害问题：与其他苹果树品种一样，柱状苹果树也可能受到病虫害的侵害，而其紧凑的生长习性可能使得喷洒农药更为困难。

尽管柱状苹果树存在这些缺点，但它仍然是小型空间和都市花园的理想选择，特别是对于那些希望在有限的空间内种植果树的人来说。